در واقع تکمیل مسجد در دوره های صفویان، تیموریان، ایلخانیان و قاجاریان بوده است.گفته می شود که مسجد جامع یزد، بانیان مختلفی داشته است اما معروف ترین این بانیان، شخصی به نام علا الدوله کالنجار است. کالنجار در سال های ۴۷۴ تا ۴۹۸ هجری شمسی، حاکم یزد بوده است که با فوت او، این سازه ی حیرت آور نیمه تمام می ماند. بعد از فوت او، تکمیل این بنا از سر گرفته می شود و به بخش های ان اضافه می شود. از آن جاییکه این بنا تا به حال چندین بار بازسازی شده است، متاسفانه بسیاری از بخش هاس اصلی و قدیمی ان دیگر وجود ندارد.
در واقع در مسجد جامع یزد که مانند نگینی می درخشد، کتبه هایی که تاریخی هستند عبارتند از کتیبه ای که در آن متن وقفنامه ی مسجد نوشته شده است و در هشتی ورودی شرقی بنا قرار دارد. یکی دیگر از کتیبه های تاریخی این بنا که قدمت آن به سال ۷۷۰ قمری می رسد کتیبه ی دیگری است که آن هم در همین قسمت قرار دارد.
معماری مسجد جامع یزد
یکی از جذابیت های اصلی شهر یزد که گردشگران خارجی را بسیار جذب خود می کند، مسجد جامع یزد با معماری منحصر بفرد و خارق العاده اش است. این بنای پر ابهت دارای یک ایوان، ۲ شبستان و ۲ گرم خانه، گنبدخانه و یک صحن بسیار بزرگ است. برای ورود به این مسجد می توان از ۶ راه داخل شد که هر کدام از آنها در یک بخش قرار گرفته اند.
متاسفانه در دوران قاجار به بهانه ی مرمت و بازسازی مسجد جامع یزد، بر اساس بی تدبیری و تصمیم های اشتباه این بنا در ابعاد بزرگی تخریب شد و همین موضوع باعث شد تا آنچه که امروز می بینیم، بسیار متفاوت تر از مسجدی باشد که در دوران گذشته وجود داشته است. اما یکی از بهترین بخش های بازدید از این مسجد، دیدن کاشی کاری های بی نظیری است که در نمای آن به کار رفته بخصوص بخش هایی مثل گنبد و محراب که واقعا خیره کننده هستند.
گنبد مسجد جامع یزد، به دلیل کاشی کاری های بی نظیر و خطاطی های تکرار شوندده ای که روی آن است، به عنوان یکی از منحصربفرد ترین و ممتازترین آثار معماری دنیا زبانزد است و یکی از زیباترین بخش های معماری مسجد هم هست.در واقع تزیین هایی که در این مسجد به کار رفته است را می توان یکی از تحسین برانگیزترین آثار معماری دانست.