حظیره محمدیه بقعه ای بوده است برای سکونت فقرا و نیز محل عبادت که درسال 843 هجری ساخته شده است. مسجد قدیمی درابتدا به شکل اتاق ساده ای با پوشش داخلی گچی، پشت بام و نمایی آجری بنا شده بود.
بنای کنونی حظیره (روضه محمدیه) و همه کاشیکاری های آن به جز سنگ مرمر منصوب در محراب از آثار جدید و تازه ساز است که ساخت آن قبل از انقلاب اسلامی آغاز شده است و تاکنون ادامه دارد. مسجد مذکور دارای سه درب ورودی است که درب اصلی آن درب بزرگ فلزی است که به خطوط هندسی تزیین یافته است.
اسپر و پیشخوان و دو مناره قطور و زیبای مسجد مزین به کاشی معرق با نقوش گل وبوته اسلیمی ـ ختایی ـ ترنجی، کتیبه ثلث، فتیله پیچ شیاری یکپارچه، گلدان و طاق نما (نغول) گلچین با رگ چین آجری، خطوط کوفی بنایی (معقلی) و لوز است. بر ترنجی های آن اسماء خدا و پنج تن آل عبا (ع) حک شده است. نمای بیرونی مسجد آجری است. کف مسجد و صحن آن با سیمان (بتن) مفروش شده است.
مسجد صحن ( میانسرا) وسیع و زیبایی دارد که در میان آن حوضی (آب نما) دیده می شود. مسجد جدید و نوساز ضلع غربی دارای سکویی سنگ فرش، ستون های بلند و چهار گوش یکپارچه، درب های بزرگ چوبی(مشبک رنگین) است. داخل مسجد (تابستانخانه) مزین به ستون های بلند و قطور با کاشی معرق، نقوش اسلیمی ـ ختایی، ترنجی و سقفی پوشیده با شیشه های رنگین وسنگ است. اضلاع جنوب شرق و شمال غربی این فضا دو اشکوبه است، طاق نماها در قسمت فوقانی مزین به خطوط ثلث است. در غرفه های فوقانی و تحتانی در ضلع غربی 12 پنجره فلزی وسه طاق نما با قوس جناقی دیده می شود و حدوداً یک متر ازاره مسجد از سنگ است.
در ضلع جنوبی بنا محراب قرار گرفته که مزین به کاشی معرق با نقوش گل وبوته اسلیمی ـ ختایی ـ ترنجی است که درکنار این محراب آرامگاه سومین شهید محراب آیت الله صدوقی قرار دارد. بخش دیگر تابستانخانه دو اشکوبه درضلع شرقی آن در دو ردیف فوقانی وتحتانی پنجره های فلزی مشاهده می شود. این بخش دارای ستون های قطور وسقف آن مزین به خطوط کوفی بنایی (معقلی) و لوزی و گلچین و رگ چین آجری است. گنبد ومقصوره که به خطوط کوفی بنایی (معقلی) و رسمی بندی تزئین یافته استوار بر ستون هایی مزین به نقوش هندسی و با قوس های جناقی است.
پوشش خارجی گنبد آجری دارای قوس شبدری کند است. نمای خارجی مزین به خطوط کوفی بنایی (معقلی) و لوز دو اشکوبه وپنجره فلزی مشبک رنگین وخط ثلث است. پنج مناره کوچک در قسمت بدنه مسجد واقع شده است. مناره ها با خطوط کوفی بنایی ولوز وگل چین آجر مزین شده است که پایه های آن سنگی است. دو سنگ قبر در کنار یکدیگر در داخل مسجد وجود دارد که بر پیشانی یکی از آنها "لا اله الالله و محمد رسول الله" و دو بیت شعر نوشته شده است. شایان ذکر است با توجه به مندرجات تاریخی، مسجد حظیره فاقد کتیبه تاریخی است.
تأسیس حوزه های علمیه شهرهای بم تاکستان و شهر کرد، احداث کتابخانه در مسجد حظیره، تأسیس دفتر تبلیغات اسلامی در یزد و صندوق قرض الحسنه حضرت ولیعصر(عج)، احداث صندوق خیریه امام رضا(ع) برای مقرری و رسیدگی به امور رفاهی افراد بی سرپرست و یتیم ونیز 5احداث خانه های رایگان برای اسکان جنگ زدگان در محله تخت استاد وخواجه خضر،احداث بیمارستان سیدالشهدا(ع) با همه تجهیزات پیشرفته، تأسیس درمانگاه های زارچ و حیدرآباد و مشتاق، تأسیس بیمارستان سوانح سوختگی آیت الله صدوقی و مرکز تحقیقات اعصاب و روان، کمک و خدمات شهید و حضور مستمر آن بزرگوار در بروز زلزله شهرهای طبس کرمان و مشهد) آثار دینی و عمانی و نیز احداث مسجد حظیره که این مکان پایگاه مهم انقلاب اسلامی در جریان مبارزات ملت مسلمان یزد به شمار می رفت و در حال حاضر نیزپایگاه امت مسلمان است مسجد ملااسماعیل که محل برقراری نمازهای جمعه و مکان شهادت آن بزرگوار بوده است ونیز احداث مساجد طهماسب ،صاحب الزمان(عج) ولی عصر اتابکی قندهاری ابوالفضل سرجمع و ده ها بنای دیگر به همت وی احداث شده است.
در دوران پیروزی انقلاب در سال 57 و پس از آنکه چهلم تبریزی ها در یزد گرفته شد. آیت الله صدوقی از آن به بعد و هر شب در مسجد حظیره و پس از اقامه نماز صحبت می کردند و مردم هم سراپا گوش و آماده برای همه چیز می آمدند و از بیانات وی بر علیه رژیم منفور پهلوی استفاده می کردند و اکثر شب ها مردم خبر می آوردند که ساواک می گیرد و می بندد و تبعید می کند و چنین و چنان می کند و وی می فرمودند من برای همه کار آمادگی دارم و لباس های مرا آماده کنید که اگر قرار است من تبعید شوم بروم و در این ایام مرتب جوان های پرشور و انقلابی و مسلمان یزد هر شب با وسایل مختلف از قبیل سنگ و چوب و شیشه بنزین می آمدند و می رفتند پشت بام وی و تا صبح آمادگی هر گونه دفاع در مقابل حمله خون آشامان یزیدی را داشتند.وی عادت داشت هر شب بعد از نماز شب که نزدیک اذان صبح بود پیاده می رفتند تا مسجد حظیره برای اقامه نماز و پس از نماز صبح پیاده بر می گشت هنگامی که از مسجد به منزل برمی گشت شروع به خواندن دعا و قرآن می کرد.مسجد حظیره یزد پایگاه مبارزان و سخنرانانی همچون شهید آیت‌الله صدوقی، شهید اندرزگو، حجت الاسلام فلسفی، وحید خراسانی و شجاعی بود. این مسجد در زمان جنگ به عنوان پایگاهی محکم و دژی مستحکم برای جمع‌آوری کمک‌های مردمی بود و می توان گفت که چهار هزار شهید یزد عموما از این مسجد به جبهه های نبرد حق علیه باطل اعزام شدند و در نهایت به درجه رفیع شهادت نایل شدند.
در این راستا مسجد حظیره یزد همچنان میزبان مجالس گرامیداشت شهدا، علما و بزرگان معنوی و علمی است و مراسم سالگرد شهدا، پیروزی انقلاب و جنگ تحمیلی، شهادت آیت‌الله صدوقی و هفته دفاع مقدس نیز همه ساله در این مسجد برگزار می‌شود.در حال حاضر با نقل مکان بسیج، از این مسجد به عنوان مکانی برای تشکیل جلسات ستاد امر به معروف و نهی از منکر استفاده می شود.سخنرانانی همچون شهید اندرزگو به دلیل مبارزات سیاسی با شناسنامه جعلی و اسامی مستعار به منبر می‌رفتند. شهید آیت‌الله صدوقی نیز در سخنرانی های ماه مبارک رمضان در کنار پرداختن به فضایل و ویژگی‌های ماه رمضان، به مسایل کشور و مبارزه علیه رژیم و برنامه‌های استکبار رژیم ستم‌شاهی نیز اشاره می‌کرد.
بانی ساخت مسجد حظیره در قرن 9 هجری سید علی شاه میبدی و همسرش بوده است. دلیل ساخت مسجد هم نذر علی شاه میبدی در ورود به دروازه شهر در یک شب سرد زمستانی است. گویا همسر علی شاه میبدی ناتوان و بیمار بوده و نذر می کند که اگر شب را جان سالم به در برد بنای مسجد، حمام، آب انبار و مکانی برای مسافران در جوار مسجدی که بنا می کند، بسازد.شبستان